東宝との専属契約解除。同年、東宝の出資とフジテレビの後押しを受け、「株式会社円谷特技プロダクション」を設立、社長に就任。フジテレビの映画部にいた息子円谷皐が監査役に入り、「円谷特技研究所」時代の弟子である高野宏一、中野稔、佐川和夫、金城哲夫らをスタッフに招き、同プロの初仕事として、日活・石原プロ提携映画『太平洋ひとりぼっち』の嵐の特撮シーンを制作。

この年、フジテレビは円谷皐を通し、円谷特技プロに国産初のTV特撮シリーズ『WOO』の企画を持ち込む。最終的に局の事情でこの企画は頓挫したものの、円谷は同企画の特撮用に、アメリカ「オックスベリー社」に当時世界で2台しかなかった最新型のオプチカル・プリンター「シリーズ1200」を発注していた。慌てた皐はキャンセル打診したが、すでに出荷後だった。このため、TBSの映画部にいた兄の円谷一に依頼し、この高額機材をTBSで引き受けてもらうこととした。

また、東宝撮影所にオックスベリー社の最新式オプチカル・プリンター「シリーズ1900」が設置される。

日米合作映画『勇者のみ』の撮影現場の視察に、渡辺明、有川貞昌、本多猪四郎監督とともにハワイを訪れる。また、よみうりランドの水中バレエ劇場「竜宮城」開場に併せ、特殊美術を担当。高山良策の造形物を目に留め、この縁で高山は円谷特技プロと関わるようになる。

一方TBSでは円谷一のもと、前年に円谷特技プロから引き受けたオプチカル・プリンター「シリーズ1200」を生かしたテレビ特撮番組として『『UNBALANCE』を企画。この企画は同プロ初のテレビ作品『ウルトラQ』となり、有川貞昌や小泉一、川北紘一ら東宝の特撮スタッフも多数参加。白黒作品ながら全編映画用の35mmフィルムを使用するという破格の体制のなか、9月27日より制作開始される。

1月2日より、円谷特技プロが一年かけて映画並みの製作費と体制で製作したテレビ特撮番組『ウルトラQ』がTBSで放映開始。TBS側の意向で怪獣キャラクターを前面に押し出した番組作りもあり、同番組は大ヒット。この『ウルトラQ』は日本全国に一大『怪獣ブーム』を巻き起こすこととなった。

同年、TBSのドキュメント番組『現代の主役 ウルトラQのおやじ』や、『ウルトラマン前夜祭』に出演。

続いて7月より、円谷特技プロのテレビ特撮番組第2弾『ウルトラマン』を放映開始。
「変身する巨大ヒーロー」というキャラクターはさらに怪獣ブームを煽った。これらのヒットによって「円谷英二」の名はお茶の間の隅々にまで知れ渡ることとなり、『特撮の神様」とまで呼ばれるようになった。

また、大阪万博の三菱未来館の映像担当が決まり、カナダへ外遊してモントリオール万国博覧会を視察。 この外遊中には招かれてアメリカで『エド・サリヴァン・ショー』に出演、また、イギリスにも歴訪し、ジェリー・アンダーソンのAPフィルムズを訪れ、『サンダーバード』の特撮現場を見学。円谷は翌年に円谷特技プロで制作する『ウルトラセブン』、『マイティジャック』のメカ描写で、「『サンダーバード』に追いつけ」として、同作をかなり意識した制作姿勢を見せている。

7月22日『キングコングの逆襲』公開。
円谷は戦前に研究した『キング・コング』の1シーン（恐竜との格闘）を、完全にリメイクしている。

またこの年の『怪獣島の決戦 ゴジラの息子』で「ゴジラ・シリーズ」から身を引き、弟子の有川に特撮監督の座を譲った。